Se estudió el efecto de la variabilidad de datos cinéticos simulando la inactivación de pectinmetilesterasa (PME) en jugo de naranja a diferentes combinaciones de altas presiones hidrostáticas (100-500 MPa) y temperatura (20-40°C), aplicando el método de Monte Carlo. Se consideraron los parámetros reportados en la literatura para el modelo de Eyring-Arrhenius, el cual predice la constante cinética de inactivación (k) de PME en función de la presión y temperatura. A través del uso del método de Monte Carlo se confirmó que para los efectos del presente trabajo, utilizar valores promedio de las variables involucradas puede conducir a resultados erróneos. Los valores de actividad enzimática residual calculados con el procedimiento determinístico sobrestimaron la reducción de la actividad residual desde 4% hasta ≈ 2,800% en comparación con los intervalos de confianza generados con el método de Monte Carlo. Esta divergencia se acrecentó conforme se incrementaron los niveles de presión y temperatura aplicados. Este tipo de análisis ayudarían a establecer las bases para las nuevas regulaciones de procesamiento en el área de alimentos.