El constante incremento en las aplicaciones de proteínas en diversos campos como la medicina, el medio ambiente y la industria alimentaria; ha generado un interés especial en el desarrollo de procesos para el análisis y purificación de proteínas. La cromatografía de líquidos ha sido ampliamente explotada para llevar a cabo dichos análisis debido a su versatilidad. La resolución de mezclas de proteínas por cromatografía de líquidos se basa en que bajo un conjunto de condiciones específicas, los solutos disueltos en una fase móvil interactúan con una fase estacionaria. Dependiendo de la naturaleza química de la fase y del tipo de estas interacciones, existen diferentes tipos de técnicas cromatográficas. En esta revisión se incluyen los principios básicos y las características principales de los métodos cromatográficos más utilizadas en el análisis de proteínas, como lo son: exclusión, intercambio iónico, interacción hidrofóbica y fase revers. Además, se muestran las aplicaciones de dichas técnicas para el estudio de cambios conformacionales, estabilidad y replegamiento de proteínas; áreas que han despertado gran interés de la comunidad científica en la última década.