La Biotecnología contribuye con el desarrollo de alimentos transgénicos para resolver problemas de insuficiencia alimentaria. La existencia de alimentos transgénicos en el mercado y la falta de información en el etiquetado sobre la producción, certificación del origen y la calidad de los productos alimenticios han requerido de poderosas herramientas para la detección de alimentos transgénicos. En este estudio se evaluó la integridad del ADN en alimentos procesados de tomate; la elaboración de puré de tomate y cátsup fue necesaria para evaluar la influencia de los aditivos y el tiempo sobre la integridad y amplificabilidad del ADN genómico de tomate. Muestras de tomate fresco se analizaron como control positivo. Los amplicones accD, LAT52 y PG indicaron la presencia de tomates trangénicos. Los ingredientes o aditivos ácidos y el tiempo fueron los factores más importantes que afectan la detección de transgenes. Por lo tanto, la calidad y la integridad de los extractos de ADN son muy importantes para el desarrollo de las técnicas moleculares en la detección de transgenes y la trazabilidad de los alimentos.