Actualmente, la demanda de combustibles derivados del petróleo sigue aumentando a pesar de que su uso causa graves daños al medio ambiente. El biodiésel es una alternativa viable para el uso del diésel convencional, sin embargo su producción no siempre es eficiente y requiere el cumplimiento de estándares de calidad. El control automático permite mejorar la calidad y la eficiencia de los procesos de producción. Por lo tanto, se implementó una estrategia de control predictivo al proceso de producción de biodiesel en un reactor discontinuo para mejorar la productividad y asegurar la calidad. La estrategia de control se basa en el modelo matemático del reactor. Este modelo describe la dinámica de la reacción y de la energía durante el proceso de producción. Durante el diseño de la estrategia de control se tomaron en cuenta las restricciones del punto de ebullición del metanol y el rango de operación del actuador. Los resultados muestraron que los productos cumplen con el requisito de contenido de éster establecido en la norma EN 14214 y que el tiempo de reacción se reduce en 42.86\%. Además, el control predictivo mostró un mejor desempeño y un menor consumo de flujo de calentamiento, en comparación con controlador convencional tipo proporcional integral.