Se desarrolló un algoritmo de control difuso de múltiples entradas-múltiples salidas (MIMO) para controlar un cristalizador continuo no isotérmico. El algoritmo incluye dos lazos de control por retroalimentación y dos desacopladores. El primer lazo controla la temperatura del cristalizador manipulando el flujo de agua de refrigeración, y el segundo lazo controla la media de la distribución de tamaño de cristales mediante la manipulación de la velocidad de agitación.  Tanto los controladores como desacopladores difusos fueron entrenados usando información generada a través de simulaciones a lazo abierto. El algoritmo difuso se comparó contra un sistema MIMO con controladores PID convencionales usando la medición de la integral del cuadrado del error (ICE) y la integral el valor absoluto del error (IAE) ante cambios en el punto de ajuste en la temperatura del cristalizador y en la media de la distribución del tamaño de cristal. También se analizaron los efectos de las perturbaciones provocados por cambios en la temperatura del líquido refrigerante. Los controladores fueron sintonizados minimizando la ICE usando el algoritmo de ajuste de mínimos cuadrados no lineales de Matlab (lsqnonlin). Los resultados mostraron que el algoritmo de control difuso podía ser utilizado con éxito para controlar la operación de un cristalizador continuo no isotérmico.