El cocimiento de agave es una operación básica en la producción de mezcal, los fructanos de reserva se transforman a azúcares simples que son convertidos a etanol en la fermentación. En estas etapas se generan compuestos minoritarios importantes como el metanol, que es un compuesto tóxico cuya presencia en bebidas alcohólicas se regula por rigurosas normatividades. En este trabajo se estudió la generación de metanol durante el cocimiento de Agave angustifolia para la producción de mezcal en el intervalo de 92 a 122ºC y tiempos de tratamiento de 12 a 18 h. Durante el cocimiento, el metanol es generado por la desmetoxilación de la pectina presente en el agave. El aporte de este trabajo es la construcción de un modelo cinético de primer orden y la determinación de las energías de activación de 90.64 y 115.96 kJ/mol para la reacción de desmetoxilación en las fracciones de tallo y hojas, respectivamente. Durante el cocimiento el grado de desmetoxilación de la pectina alcanza 92%. Se estimó que la mayoría de metanol liberado se elimina en el vapor de agua generado durante el cocimiento.